Daha birçok özelliği ile ökaryot hücre diğer hücre çeşitlerinden ayrılmaktadır. Laboratuvar incelemelerine dayanarak bilim adamları bu hücreleri dörde ayırmışlardır. Bunlar bitki hücresi, mantar hücresi, hayvan hücresi ve protista olmak üzere sınıflandırılmıştır. Fakat protista genellikle bazı bilim adamlarında dışlanmıştır ve kabul edilmemiştir. En çok bilinen ökaryot hücre hayvan hücresi ve bitki hücresidir. Bu nedenle yapılan araştırmalar genellikle bu hücreler üzerinde gerçekleştirilmektedir. Hayvan hücreleri genellikle bu ökaryot hücre yapısından meydana gelmiştir. Bunun yanında ökaryot hücrelerden meydana gelen bitki hücreleri her ne kadar aynı tip hücre türünden meydana gelmiş olsa bile bunlar belirli farklılıklar göstermektedir. Hayvan hücresinin hücre zarı oldukça esnektir. Bu nedenle hayvan hücresine istenilen şekil verilebilmektedir. Fakat bitki hücresinde bu duruöu gerçekleştirmek imkânsız denecek kadar zordur. Ökaryot hücreler, endositoz denilen sistemle hücre içerisine madde alışverişi sağlamaktadırlar. Bu sistem sayesinde hücre gerekli besin ihtiyacını sağlayarak yaşamını sürdürür ve belli bir süre sonra bölünür. Ökaryot hücrelerde çekirdek, çekirdek kılıfı olarak adlandırılan çift zar ile çevrilidir. Bu zarların yapraksı bölgeleri endoplazmik retikulum oluşturmaktadır.