Konjugasyon, yan yana bulunan iki canlı arasında geçici bir sitoplazmik köprü kurulması ve bu köprü üzerinden genetik materyal değişiminin gerçekleşmesidir. Bu eşeyli üreme şekli genellikle bakterilerde ve terliksi hayvanlarda görülmektedir. Bu süreçte, bakterilerin halka şeklindeki DNA parçaları olan plazmitler, bir hücreden diğerine aktarılır ve genetik çeşitliliğin artmasına yol açar. Plazmitler, birden çok antibiyotiğe karşı direnç geliştirme kabiliyetine sahip olabilmektedir.

Bakteriyel konjugasyon, bakterilerin genetik materyal aktarım yöntemlerinden biridir. Bu süreçte, verici hücre DNA'sının tamamı ya da bir kısmı doğrudan temas veya seks pilusu aracılığıyla alıcı hücreye aktarılır. Bakteriyel konjugasyon, hücrelerin temas yoluyla genetik materyal aktarımının gerçekleştiği bir olaydır ve transformasyon ile transdüksiyon gibi yatay gen transferi sistemleri arasında yer alır.

Bakteri konjugasyonu genellikle cinsel birleşme veya üremenin bir benzeri olarak yanlış anlaşılmaktadır. Ancak bu süreç, cinsel bir süreç değildir; çünkü eşey hücrelerinin birleşmesi sonucu oluşan bir zigotla ilişkisi yoktur. Sadece verici bir hücreden alıcı bir hücreye genetik materyal aktarımı söz konusudur.

Konjugasyonun gerçekleşebilmesi için verici hücrelerin konjugatif, yani hareket edebilir genetik unsurlara sahip olması gerekir. Bu unsurlar çoğunlukla konjugatif plazmitlerdir. Konjugatif plazmitlerin çoğu, alıcı hücrede benzer bir plazmitin olup olmadığını algılayabilecek bir sisteme sahiptir. Genetik materyal aktarımı, alıcı hücreye çeşitli yararlar sağlayabilir. Örneğin, antibiyotik direnci kazandırarak ortamda bulunan bir besin maddesinin sindirilmesini sağlayacak enzimlerin sentezlenmesine yardımcı olabilir.

Konjugatif plazmitlerin prototipi F plazmididir, aynı zamanda F faktörü olarak da bilinir. F faktörü, yaklaşık 100 kilobaz çifti uzunluğunda bir episomdur, yani bakteri kromozomuna ilave edilebilen bir plazmittir. Kendi replikasyon mekanizmasına sahiptirler. Bir bakterinin bir veya daha fazla F plazmidi olabilir; bu durumda F pozitif olarak adlandırılır. Konjugasyon başladığında, relaksozom adı verilen bir protein kompleksi oluşturulur. F plazmidin tra bölgesi, pilus genleri ve düzenleyici genlerden oluşur. Bunlar sayesinde F negatif bakterilere bağlanabilen piluslar oluşturur.

İki paramesyum yan yana gelerek aralarında bir sitoplazmik köprü kurar. Her paramesyumun küçük çekirdeği mayoz bölünme geçirir. Mayoz bölünme sonucunda oluşan dört küçük çekirdekten üç tanesi ve büyük çekirdek kaybolur. Sadece bir küçük çekirdek kalır. Her bir paramesyumun kalan küçük çekirdeği mitoz bölünme geçirerek iki küçük çekirdek meydana gelir. Bu çekirdeklerden biri karşılıklı olarak değiştirilebilir. Çekirdekler birleşerek döllenme gerçekleşir. Daha sonra iki paramesyum birbirinden ayrılır ve her bir paramesyumun çekirdeği üç mitoz bölünme geçirerek sekiz çekirdek oluşturur. Bu çekirdeklerden üç tanesi kaybolur. Kalan beş çekirdekten dört tanesi büyük çekirdeğe dönüşür. Geri kalan bir tanesi ise küçük çekirdek olarak kalır. Daha sonra her bir paramesyumun küçük çekirdeği mitoz bölünme geçirerek iki küçük çekirdek meydana gelir. Paramesyumda sitoplazma bölünmesi gerçekleşerek yeni çekirdekler meydana gelir ve iki büyük ve bir küçük çekirdekten dört paramesyum oluşur.

Paramesyumda gerçekleşen konjugasyon sürecinde mayoz bölünme ve döllenme gerçekleşir, bu da birey sayısının artmasına yol açar.